水资源
厦门属于淡水资源匮乏的海岛型城市，城市日常用水80%取自九龙江，多年平均水资源总量12.47亿立方米，人均水资源占有量仅513立方米。已发现的温泉或地热异常点有14处，地热点水温一般为50摄氏度～60摄氏度，最高达90摄氏度，总允许开采量为33002立方米/天。水中一般含有二氧化碳、硫化氢、偏硅酸、氟、溴、氡等化学成分，具有很好的开发利用价值。
土地资源
厦门市土地总面积1569.3平方千米，其中以低丘、台地类型为主，占土地总面积的62.5%，其次是平原和滩涂，各占14%和7.7%。耕地土壤类型有6个土类、11个亚类、21个土属、42个土种，多分布在海拔50米左右的低丘、台地和平原，坡度多在25度以下，红壤和水稻土占耕地总面积的78%以上，土壤肥力中下等，中低产田占总面积的比重较大，约占总耕地面积的60%以上。
矿产资源
厦门市金属矿藏资源比较缺乏，已发现的金属矿床、矿点有钍、铁、锰、铜、钨、铅、钛、钼、锌等。花岗岩和砂料是厦门最主要的非金属矿产资源，分布广、储量大、经济价值高，花岗岩地貌和沙滩同时又是厦门市重要的旅游资源。具有较大开采价值的非金属矿产还有高岭土、耐火黏土、砖瓦黏土等，大都分布在同安区和翔安区。
生物资源
厦门有丰富的海洋生物资源，各类海洋生物近2000种，其中有经济价值的常见鱼类157种、软体动物89种、甲壳类动物127种、藻类139种。厦门海域内的文昌鱼和中华白海豚为国家一类保护动物，鲎为福建省重点保护的珍奇动物。
