新疆位于祖国西北部边陲，地域辽阔，交通问题长期以来都是经济发展的一大瓶颈。通过50多年的建设已初步形成了以公路为基础，铁路为骨干，包括民用航空、输油气管道等四种运输方式相配合，内联区内各地（州、市）和县、外联国内西、中、东部地区以及周边国家的综合运输网络。截至2005年底，全疆公路通车总里程达到8．95万公里，其中高速公路541公里，一级公路883公里。首府乌鲁木齐到各地（州）首府都已实现二级以上高等级公路连接，全疆85个县（市）全部通柏油路。全疆铁路营运里程3009公里。

　　1985年新疆航空公司成立，2002年新疆航空公司并入中国南方航空公司。已拥有22个机场（含新建、迁建），即乌鲁木齐地窝堡国际机场、喀什国际机场、和田机场、莎车机场（新建）、图木舒克机场（新建）、且末机场（迁建）、楼兰（若羌）机场（新建）、塔中机场（新建）、阿克苏机场、库车机场、库尔勒机场、吐鲁番机场、哈密机场、石河子机场（迁建）、克拉玛依机场、伊宁机场、那拉提机场、博乐机场、塔城机场、阿勒泰机场、喀纳斯机场、富蕴机场（新建），为国内拥有机场数量最多的省份。其中乌鲁木齐地窝堡国际机场已成为中国第四大国际航空港。

　　新疆乌鲁木齐已与内地51个城市和6个国家和地区通航。已开辟了乌鲁木齐至北京、上海、广州、深圳、福州、厦门、海口、哈尔滨、大连、青岛、济南、西安、郑州、杭州、重庆、武汉、成都、昆明、张家界、敦煌等55条国内航线。

　　又开辟了乌鲁木齐至阿拉木图、新西伯利亚、莫斯科、伊斯兰堡、德黑兰、比什凯克、叶卡捷琳堡7条国际航线。航线总长14万公里。

　　2014年11月16日，兰新高铁（乌鲁木齐南至哈密段）将开通运营，标志着新疆正式进入高铁时代。动车开通后初期运行时速200公里，乌鲁木齐到哈密的运行时间由原来的5小时缩短至3小时左右。