水资源：舟山市源于境土相对空间的大气降水，降水时空分布欠匀，蓄水条件欠好，地表径流多数直接入海，淡水资源总量欠丰，尤以北东部诸岛为甚。多年平均降水量1108.85毫米，多年平均相对湿度78.5%，水资源总量5.74亿立方米，人均拥有量为浙江省人均的25.4%，耕地亩均占有河川径流量为浙江省亩均的51.2%，平均年径流深为浙江省的51%。地下水资源量1.73亿立方米，露头泉分布点少而不匀，多见季节性泉。在变质岩和花岗岩分布区的沟谷平原，地下水富集，第四系洪积和冲积砂砾带，孔隙潜水和承压水丰富，单井涌量在100～1000吨/日。海积平原砂砾滩地下水丰富，但因有海水参与和输送不便，利用较少。花岗岩裂隙带，地下水质优良，但总量欠丰。 

　　生物资源：舟山市境内植被属中国中亚热带常绿阔叶林北部亚地带，浙江省植被区划中属天台山、括苍山山地岛屿植被片。随地形由低及高和土质变化，形成泥涂植被、砂地植被、岩礁植被和山地植被等。境内有木本植物544种，隶89科，内古树名木63种。兽类主要有18种，分隶6目10科；鸟类主要有164种，分隶17目40科，其中白鹳为国家一级重点保护野生动物；两栖类主要有8种，分隶5科，多属蛙类，偶见山溪鲵等；爬行类主要有24种，分隶8科；淡水鱼类主要有26种，分隶4目9科。

　　矿产资源：舟山矿产种类较多，有开发利用价值的矿种较少；金属矿产贫乏，非金属矿产储量较丰富，以建筑石料为主。截至2009年，已知矿产有铁、铜、铅锌、金银、黄铁、水晶、石墨、明矾石、大理石、花岗石、海砂、凝灰岩及矿泉水等26个矿种50多处产地，但大多为矿点和矿化点，基本无工业开采价值，而非金属矿产中的建筑用花岗岩、建筑用凝灰岩以及海砂等资源较为丰富，是舟山市开发的主要矿种。